Előzmények:

Az Életfolyam (Lifesteam) segített az embereknek hosszú, egészséges és boldog életet élni.

A Shin-Ra Company megtalálta a módját, hogy befogja az Életfolyamot és hatalma alá hajtsa. Ezzel az akciójával viszont nagy mértékben a Földet károsította, így sokan szembe szálltak a Shin-Ra-val. Ezért a vállalat megalapította magának a legtökéletesebb védelmi rendszert, a SOLIDER-t. Tagjaiba Jenova ("az égből alászállt borzalom") részeit ültették.

A SOLIDER-ek között a legkiválóbb Sephiroth volt. Amikor rájött, hogy egy kísérlet során született, meggyűlölte az egész világot és mérhetetlen haragjában el is kezdett pusztítani mindent maga körül, azzal a rögeszmével hogy Jenova-t az anyjának tekinti, és így is nevezi. Igy kezdődött az igazi harc. Cloud és a többiek (Tifa, Zack, Barret, Cid, Yuffie, Vincent) felvették a harcot Sephiroth-al és sikerült is legyőzniük...egy időre. Az Életfolyamnak viszont ekkorra már saját akarata volt és gyógyíthatatlan betegséget szórt a Földre, a Seikon-soukogun-t (Geostigma). Akit megfertőz a betegség, rövid időn belül az Életfolyam részévé válik.

A film ezek után 2 évvel játszódik. A hős csapat szétszóródott, a fegyverek eltüntek és a harci vágy szép csendben kialudt. Éli mindenki a normális hétköznapokat, Cloud futárként dolgozik és árvaházat vezet Tifa-val. Feltűnik a környéken egy idegen banda, a 3 lélek: Kadaj és 2 testvére , Yazzo és Loz.

Feltett szándékuk átvenni az irányítást az Életfolyam felett, ezt pedig úgy sikerül elérniük, ha megtalálják Jenova utolsó maradványát.

Főhősünk, Cloud ezt persze nem hagyja szó nélkül, újra felveszi a kesztyűt és kész a harcra, csakhogy ő is elkapta a Seikon -soukogun-t. A lázadók újra összeállnak, újra feléled a harc szelleme, de ezuttal nem elég már pár lelket átküldeni a másvilágra. Kadaj fel éleszti Sephiroth-t...